Cerita ini seluruhnya dinaratori dan dilihat dari sudut pandang Kyon, seorang teman sekelas Haruhi yang telah meninggalkan segala angan-angannya untuk menjumpai orang-orang bukan manusia biasa seperti alien, penjelajah waktu, esper, dan slider (“penjelajah dimensi”) dan menjalani hidup yang biasa saja. Namun, segalanya berubah ketika dia mencoba bicara pada Haruhi Suzumiya karena dia tak sengaja memberi Haruhi ide untuk membuat sebuah grup bernama SOS Dan yang menurut Haruhi bertujuan untuk mencari hal-hal misterius dan tidak biasa di dunia ini. Haruhi kemudian memaksa Kyon menjadi anggota grup barunya, begitu pula dengan 4 siswa lain yang tidak dikenal Kyon sebelumya. Kemudian seiring berjalannya waktu, Kyon menyadari bahwa banyak hal yang disangkanya tidak pernah ada, ternyata benar-benar eksis di dunia ini.
Satu per satu anggota SOS Dan memperkenalkan diri kepada Kyon sebagai agen dari beberapa organisasi bukan manusia biasa yang memiliki tujuan yang berbeda-beda, tapi tujuan utama mereka dikirim ke SMA Kyon adalah untuk mengamati Haruhi. Kyon semakin dibingungkan oleh penjelasan-penjelasan panjang mereka di mana dia dapat menyimpulkan dua hal: bahwa alien dan sejenisnya benar-benar ada di dunia ini dan bahwa Haruhi lebih istimewa lagi daripada mereka semua karena mempunyai kekuatan untuk mengendalikan lingkungan di sekitarnya sesuai keinginannya tanpa ia sadari.
Haruhi mempunyai kekuatan seperti kemampuan seorang Tuhan yang hanya bisa dibatasi oleh akal sehatnya sendiri, yaitu mengubah, menghilangkan, dan bahkan menghapuskan dunia dan menciptakan dunia baru jika dia merasa terlalu bosan dengan keadaanya saat ini. Karena itulah, seluruh anggota SOS Dan-nya berusaha mati-matian agar Haruhi tidak menghancurkan dunia mereka, tapi tetap saja ada begitu banyak masalah yang harus mereka hadapi dan tidak sedikit masalah yang berakhir dengan tidak diduga-duga.
Karakter
Haruhi Suzumiya: Siswi kelas satu SMA yang terkenal di sekolahnya sebagai anak yang eksentrik, meledak-ledak, tidak suka bergaul, dan suka seenaknya sendiri, tapi atletis, cantik, sangat berbakat dalam berbagai hal, serta sesungguhnya menarik dan rendah hati. Pribadi asli Haruhi selalu tertutup oleh sikapnya yang tidak tertarik pada segala hal yang biasa saja sehingga kehidupan sosialnya berbeda dari kebanyakan teman-teman sekelasnya. Jauh sebelum bertemu dengan Kyon dan mendirikan SOS Dan, Haruhi telah dikenal oleh teman-teman SMP-nya sebagai anak yang eksentrik dan pemurung, tapi siapa sangka karena satu ulahnya yang mengejutkan seluruh sekolah di tahun pertamanya di SMP, dia menjadi sasaran perhatian tiga kelompok bukan manusia biasa: kesatuan alien data, sebuah peradaban manusia masa depan dengan teknologi penjelajahan waktu yang canggih, dan sekelompok "esper" yang katanya telah memperoleh kekuatan istimewa dari Haruhi. Haruhi dijelaskan sebagai orang pertama dan satu-satunya yang bisa mengendalikan apa pun di sekitarnya bahkan tanpa ia sadari sehingga dideskripsikan oleh Itsuki sebagai seseorang dengan kekuatan bagaikan Tuhan. Dengan demikian, dia dengan mudahnya mampu menghancurkan dan menciptakan dunia dan seisinya seperti apa pun juga kapanpun dia inginkan. Tidak ada yang mengetahui apa yang sebenarnya akan terjadi jika dia sadar akan kekuatannya itu, tapi telah disepakati bahwa hasilnya "tidak bisa dibilang baik". Bagaimana dan mengapa Haruhi bisa memperoleh kekuatan itu masih menjadi misteri. Diketahui pula bahwa saat suasana hati Haruhi memburuk, akan muncul sebuah dimensi lain yang biasa disebut “Sealed Reality/Closed Space” oleh para esper. Tugas esper di sana adalah mengalahkan makhluk raksasa penghancur yang disebut “Shinjin” sebelum mereka semakin merajalela di dalam dimensi itu dan lambat laun, menutupi dunia nyata. “Shinjin” dianggap sebagai suatu perwujudan dari perasaan kesal atau stres Haruhi untuk melampiaskan kekesalannya itu.. Karena Haruhi umumnya hanya tertarik pada alien dan semacamnya, banyak temannya menghindarinya meskipun dia cukup populer di kalangan cowok di SMP-nya. Namun, Haruhi membenci semua laki-laki yang pernah mengajaknya berkencan karena menurutnya mereka sangat membosankan dan manusia biasa saja. Meskipun dia jelas-jelas mengatakan bahwa dia tidak ingin menjalin hubungan serius dengan siapa pun, dia tampak tertarik dengan Kyon, cemburu jika melihat Kyon dekat dengan perempuan selain dirinya, dan bahkan mau mendengarkan beberapa saran Kyon, tidak seperti yang biasa ia lakukan pada orang-orang lain.Kyon Dalam seri anime, novel, maupun manga, Kyon adalah narator dan sudut pandang utama cerita meskipun tokoh utamanya adalah Haruhi. Dia suka mengkritik dan memberi komentar pedas dalam naratornya yang kadang-kadang diselingi humor bergaya khasnya sendiri. Sebutan “Kyon” sebenarnya hanyalah sebuah nama panggilan saja dan nama aslinya tidak pernah diketahui. Meskipun dia sendiri ingin bertemu dengan makhluk dunia lain layaknya alien, dia seringkali tidak bisa menerima kelakuan Haruhi dalam usahanya mencari makhluk-makhluk seperti itu. Walaupun demikian, dia selalu melakukan apa yang Haruhi inginkan meskipun seringkali diiringi omelan panjang. Di antara anggota SOS Dan yang lainnya, hanya Kyon seorang yang manusia biasa. Namun, peranannya terhadap Haruhi cukup besar sehingga ketiga kelompok yang mengawasi Haruhi pun menyadarinya. Menurut Itsuki, Kyon telah berjasa mengurangi frekuensi kemuculan “Sealed Reality” sejak SOS Dan didirikan. Selain itu, banyak yang ingin mengetahui mengapa Haruhi mau merekrut Kyon padahal dia hanya seorang manusia biasa.
Yuki Nagato sebenarnya adalah satu-satunya anggota Klub Literatur yang ruangannya diambil alih oleh Haruhi untuk dijadikan markas SOS Dan. Namun, tampaknya ia sama sekali tidak berkeberatan ketika Haruhi mengambil ruangan klubnya dan memasukkannya dalam daftar anggota SOS Dan secara sepihak. Ia sangat jarang bicara dan lebih suka diam membaca buku di mana pun ia berada. Selain membaca, Yuki juga menyukai memainkan komputer sebagai semacam hobi sejak Haruhi memperkenalkan komputer kepadanya setelah ditantang oleh Klub Komputer bertanding menggunakan game buatan mereka, walaupun dia tidak pernah menghabiskan waktu untuk komputer sebanyak membaca. Yuki bukanlah manusia biasa, tapi seorang manusia buatan yang diciptakan oleh suatu bentuk data kehidupan dari luar angkasa yang disebut Integrated Data Entity (versi Wikipedia Inggris/Integrated Data Thought Entity (versi fansub anime)/. sehingga secara teknis, dia adalah alien. Dia dikirim untuk menginvestigasi penyebab dari ledakan data tiga tahun silam yang sesungguhnya disebabkan oleh Haruhi. Sebagai manusia buatan dia memiliki lebih banyak kelebihan daripada manusia biasa dan kemampuan memanipulasi data yang banyak digunakannya untuk membantu menyelesaikan berbagai masalah. Oleh tuannya (atau penciptanya yaitu Integrated Data Entity, walaupun tidak pernah sekalipun dijelaskan identitasnya) Yuki ditugaskan untuk mengamati Haruhi dan menjaganya agar tetap stabil untuk obyek observasi lanjutan bagi Integrated Data Entity. Namun kadang-kadang, dia mengambil tindakan tertentu berdasarkan keputusannya sendiri dengan tujuan menghilangkan sebagian kebosanan Haruhi. Berbeda dengan Ryoko Asakura, Yuki sulit berinteraksi dengan manusia sehingga dia lebih suka menuruti saran Haruhi dan Mikuru saja untuk beberapa hal seperti etika dan kebiasaan hidup yang tidak terlalu ia pahami. Di bagian awal cerita, Yuki selalu terlihat memakai kacamata, tapi setelah pertempurannya dengan Asakura dia tidak memakainya lagi.
Mikuru Asahina adalah kakak kelas Haruhi dan Kyon dan anggota tertua SOS Dan, meskipun sifatnya yang polos dan kekanakan serta wajahnya yang imut seringkali membuatnya tampak seperti anggota paling muda. Mikuru direkrut hanya karena alasan tunggal Haruhi bahwa SOS Dan membutuhkan seorang maskot untuk menarik perhatian banyak orang dan sejak saat itu dia selalu menjadi bulan-bulanan Haruhi dalam berbagai kegiatan SOS Dan. Mikuru sebenarnya adalah seorang penjelajah waktu dari masa depan yang dikirim untuk menyelidiki tentang penyebab “gempa waktu” yang timbul tiga tahun lalu sehingga memboklir penjelajahan waktu ke masa lalu melebihi titik tersebut. Problem ini disebabkan oleh Haruhi sehingga Mikuru pun ditugaskan untuk mengawasinya, seperti Yuki dan Itsuki. Mikuru yang lebih tua dari masa depan yang lebih jauh pernah mengunjungi Kyon dan memberinya pesan mengenai bahaya yang akan menimpanya bersama Haruhi. Kedatangan Mikuru dewasa ini untuk pertama kalinya membuktikan pengakuan Mikuru bahwa ia adalah seorang penjelajah waktu. Tampaknya Mikuru yang ini mengetahui tentang masalah Haruhi lebih dari siapapun juga.
Itsuki Koizumi adalah anggota terakhir yang direkrut oleh Haruhi, hanya karena dia dianggap oleh Haruhi sebagai seorang “murid pindahan misterius”. Dia nyaris selalu tampak tersenyum ceria dan bicara dengan sopan kepada siapapun juga. Itsuki adalah salah satu anggota dari sebuah kelompok misterius yang biasa disebutnya “Organisasi”. Kelompok ini terdiri dari para esper dengan kekuatan spesial semacam ESP dan informasi spesial mengenai Haruhi sejak tiga tahun yang lalu. Sejak dianugerahi kekuatan itu oleh Haruhi (tanpa disadari oleh Haruhi sendiri tentunya), mereka selalu melindungi umat manusia dengan memerangi raksasa yang disebut Shinjin (“seseorang seperti dewa”) (“Avatar/Celestials”) di dalam “Sealed Reality” yang muncul setiap kali suasana hati Haruhi menjadi tidak stabil (marah, sedih, dan emosi-emosi negatif lainnya). Jika "Shinjin" dibiarkan terus merajalela di dalam Sealed Reality, maka lama kelamaan Sealed Reality akan meluas dan akhirnya menggantikan dunia nyata sekarang. Itsuki seringkali menyebalkan Kyon, apalagi Itsukilah yang pertama kalinya di antara anggota Klub SOS lainnya yang mencetuskan ide bahwa Kyon mencintai Haruhi dan di antara mereka berdua terdapat ikatan nasib dan kepercayaan yang tegas satu sama lainya. Itsuki juga seringkali memberi berbagai penjelasan panjang kepada Kyon yang seringkali disisipi teori-teori psikologis dan filosofis tertentu.
